dimitris kalamaras

math, social network analysis, web dev, free software…

Category: Science Page 4 of 5

SocNetV 0.51: changes, new logo, and RPM packages

Last Friday, I released version 0.50 of Social Networks Visualiser (SocNetV) and version 0.51 followed already (yesterday), fixing an important (and yet embarrassing) bug in Graph::createDistanceMatrix() method.

IMHO, this new version is the first really usable version of this little application. With it you can draw mathematical graphs (social networks, to be precise, since the focus is more on Social Network Analysis than on Graph Theory), by pointing and clicking, load existing networks of most popular formats (Pajek, GraphML, GraphViz, UCINET, etc), create random networks (Small Worlds, Erdos-Renyi, Ring Lattices, etc), compute actor centralities (Betweeness, Closeness, Graph, etc) and clustering coefficients, select a different network layout based on these centralities (or Spring-Embedder models), and finally export your work to PDF, BMP or PNG file formats, without crashes (unlike earlier releases). A complete workflow, that is!

I am really proud of this progress (if not amazed) since I didn’t expect it to come this far 5 winters ago when I was playing with Qt toolkit while I was on army service in Evros 🙂 Yet, this application has really evolved in my spare time, and seems to be useful to some people (mostly academia).

To celebrate this new release, I prepared RPMs for both Fedora 10 and openSUSE 11.1 distros. Serafeim Zanikolas maintains already an older .deb package in Debian ‘experimental’ (and soon in Sid), while Markos Chandras just added SocNetV to qting-edge overlay, which also houses all new Qt4 and KDE4 software. Ubuntu users may add my Launchpad PPA (older version) to their repos or opt to compile from source (it’s really easy!). Meanwhile, 0.51 is the first version for which we provide a Windows zipped archive with executables (although I cant say I really tested it :P)…Oh, and we now have a much more polished and ad hoc logo (handmade with Gimp/Inkscape of course):

Nice, isn’t it? 😛

Σπιτικό Clustering με Linux…

Αν και η επεξεργαστική ισχύς των σύγχρονων υπολογιστών αυξάνεται ταχύτατα, υπάρχουν πάρα πολλές εφαρμογές που απαιτούν πολύ μεγαλύτερη ισχύ από εκείνην του μέσου PC, όπως η κωδικοποίηση βίντεο σε MPEG, η συμπίεση μεγάλων αρχείων ήχου σε OGG ή MP3, το rendering μιας 3D εικόνας ή ενός animation, η διεξαγωγή ενός υπολογιστικού πειράματος, ο μεταγλωτισμός ενός σύνθετου προγράμματος κ.α. Σε αυτές τις περιπτώσεις χρειάζεστε πολύ ισχυρούς επεξεργαστές με αποτέλεσμα να πρέπει να ξοδέψετε ένα σωρό χρήματα.

Ευτυχώς, υπάρχει μια εναλλακτική και συνάμα «οικολογική» λύση, με την οποία μπορείτε να εκμεταλλευθείτε παλιό υλικό που έχετε στην αποθήκη ή μερικά παλιά μηχανήματα που μπορείτε να βρείτε σε εξευτελιστικές τιμές για να πετύχετε αύξηση της ταχύτητας των παραπάνω διαδικασιών. Η μέθοδος αυτή είναι η δημιουργία μιας συστοιχίας (cluster) υπολογιστών. Εν συντομία, πρόκειται για την διασύνδεση ενός αριθμού υπολογιστών, που λέγονται κόμβοι, μέσω τοπικού δικτύου και τη χρήση ενός κατάλληλου λειτουργικού συστήματος που μπορεί να κάνει χρήση της δομής cluster έτσι ώστε οι εφαρμογές να εκτελούνται ταχύτερα.

Μαντέψτε ποιο είναι το λειτουργικό σύστημα που μπορεί να το κάνει εύκολα, γρήγορα και δωρεάν… Φυσικά, το Linux. Υπάρχουν πολλές διανομές Linux που παρέχουν ενδογενή υποστήριξη για clustering. Εμείς επιλέξαμε να χρησιμοποιήσουμε μια live διανομή Linux, το ClusterKNOPPIX, το ΙSO image της οποίας μπορείτε να βρείτε στο http://clusterknoppix.sw.be. Εάν ενδιαφέρεστε να δείτε κάποιο άλλο Linux με δυνατότητες clustering, δείτε την ιστοσελίδα: http://lcic.org/distros.html.

Το ClusterKNOPPIX είναι live CD, δηλαδή τρέχει εξολοκλήρου από το CD που θα κάψετε και έτσι δεν θα χρειαστεί ούτε καν να πειράξετε τα δεδομένα των δίσκων των υπολογιστών που θα χρησιμοποιήσετε…

Read More

ITER: Ένας τεχνητός ήλιος!

Τον Νοέμβριο του 2006, ξεκίνησε επίσημα μία από τις μεγαλύτερες πειραματικές προσπάθειες στην πυρηνική Φυσική, που υπόσχεται φθηνή και καθαρή ενέργεια με τον τρόπο που παράγεται στον Ήλιο.

Έχετε αναρωτηθεί ποτέ πως λειτουργεί ο Ήλιος; Ποιο είναι το καύσιμο από το οποίο παράγεται η ακτινοβολία χάρη στην οποία υπάρχει η ζωή όπως την ξέρουμε στη Γη; Λοιπόν, ο Ήλιος χρησιμοποιεί πυρηνικά καύσιμα σε μια διαδικασία που λέγεται θερμοπυρηνική σύντηξη. Στο καυτό και πυκνό εσωτερικό του Ήλιου, η ύλη φτάνει σε απίστευτα υψηλά επίπεδα θερμότητας και πίεσης, πράγμα που οδηγεί τα άτομα του υδρογόνου να ενώνονται βίαια μεταξύ τους εκλύοντας ενέργεια αλλά και ένα στοιχείο που λέγεται ήλιο. Αυτές οι αντιδράσεις συμβαίνουν μέσα στο “πλάσμα”, την τέταρτη μορφή της ύλης μετά τα στερεά, υγρά και τα αέρια. Το πλάσμα είναι μια κατάσταση της ύλης όπου τα ηλεκτρόνια διαφεύγουν από τα άτομα και κινούνται ελεύθερα. Όλα σχεδόν τα αστέρια ακτινοβολούν μεγάλες ποσότητες ενέργειας που παράγεται από παρόμοιες διαδικασίες.

Οι ερευνητές πιστεύουν ότι μπορούν να επαναλάβουν την θερμοπυρηνική σύντηξη με ασφάλεια στη Γη προκειμένου να χρησιμοποιήσουμε την ενέργεια που εκλύεται για ειρηνικούς σκοπούς. Γι’ αυτό όμως θα πρέπει να εξομοιώσουν την κατάσταση που επικρατεί στον ίδιο τον Ήλιο, δηλαδή μεγάλες θερμοκρασίες και τεράστια πίεση. Η εξομοίωση αυτών των συνθηκών και ο απαιτούμενος έλεγχος της διαδικασίας γίνεται στο εσωτερικό των θερμοπυρηνικών αντιδραστήρων.

Οι συμβατικοί πυρηνικοί αντιδραστήρες που υπάρχουν σήμερα λειτουργούν με ελεγχόμενη σχάση ατόμων ραδιενεργών στοιχείων (συνήθως ουρανίου 235)…

Read More

SocNetV gets a review (not bad one :))

I started this SocNetV thing as a learning exercise: to deepen my knowledge of Qt/C++, to familiarize myself with tools like svn, mercurial, etc, and, above all, to build something that I needed back then in my Linux box (was it Mandriva 2005?): a simple application to help me draw social graphs and compute some statistics (centralities) about them. After three years of development, Social Networks Visualiser is nowhere near complete, but it is quite usable and it’s getting better (I think).

Today, a friend called me to comment on the “review”… I was, “what review?”…Well, it seems that somehow, Mihai Mircea, the Softpedia Linux Editor was convinced that SocNetV deserves a review on Softpedia. So, there it is: we got 3 stars out of 5. Not bad — actually it was more positive than I would expect. Anyway, thanks for the review and the thoughtful comments, Mihai.

SocNetV 0.46 is here!

I just uploaded the new SocNetV version to the Sourceforge File Release System (FRS). Nothing special this time. SocNetV 0.46 is just a bug fix release – Pajek format loading is improved and zooming widgets work as they should (at last!).

The only new features is that nodes can be automatically resized according to their outDegrees. This is no novelty, but helps a lot. Imagine you have a network of 100 nodes where you have applied a betweeness centrality layout. Nodes which happen to be on many shortest paths between other pairs of nodes will be positioned towards the center of the screen, and can be thought of as ‘mediators’ of information. This is nice, but for instance do they also happen to have many links to other nodes? In other words, do they know a lot of actors as well? With one click, SocNetV can give now an answer, depicting nodes with different sizes according to their outLinks: nodes with more links are bigger than those with less links. Wow 😛

Math and Algebra software you can’t miss in Linux…

Yesterday, I was searching for some nice mathematics applications, mainly for computer algebra, in Linux and here are my two main conclusions.

  • First, there are hundreds of math programs and libraries out there for any need!
  • Second, try to stick with Debian-based distros, or else you ‘ll end up compiling the universe.

In the beginning, I had not exact idea what I was searching for, but to be honest I would love to have something like Mathcad (which unfortunately is commercial and not open-source). Unfortunately, I don’t believe there is such thing in Free Software, at least for the moment.

Nevertheless, after a little search with apt-cache (using Debian unstable), various applications came to my attention.

Read More

New day – new SocNetV release…

Four months after 0.44, a new release of Social Networks Visualiser is ready. Version 0.45 fixes a thousand (short of…) bugs, and adds new features, such as initial support for GraphML, four new node shapes and new widgets for network rotation and zooming. My plan is to have GraphML as the default format. At the moment, only loading is supported, though 🙁

Version 0.45 brings a more polished GUI with new icons and a new layout for the left dock.

SocNetV 0.45 screenshot

Also, I finally managed to update the documentation and make it look nice. You can take yourself a look at
http://socnetv.sourceforge.net/docs/manual.html

The same documentation is available both online and locally, when running SocNetV. HtmlViewer class renders the manual with the help of QtWebKit, so the latter is a new dependancy. In openSUSE you need libQtWebKit-devel whereas in Debian the package is libqt4-webkit.

Finally, Serafeim Zanikolas made a package of SocNetV 0.44 for Debian Experimental and made a couple of bug reports/fixes. Most of them have been fixed in version 0.45.

I plan to stick with version 0.45 for a while, waiting for Qt 4.5. If the developers are right (they talk about speed-ups of up to 40 times faster), QGraphicsView will be much impoved in Qt 4.5.
SocNetV needs that.

Page 4 of 5

Powered by WordPress & Theme by Anders Norén